接續前作“哥吉拉X機械哥吉拉”的故事，一年前與哥吉拉（Godzilla）的決戰，機龍（機械哥吉拉Mechagodzilla）受損程度37\%，失去了右腕及終極武器-絕對零度炮。維修組員中條義人在八王子基地負責修復機龍的工作。某日中條在他叔叔信一的…

1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。　　另一方面…

的场一佐(鹿贺丈史)等30名自卫队员, 因驻屯地事故而时间跳跃至战国时代1549年开始. 的场的原属下 - 鹿岛(江口洋介)与造成事故的神崎(铃木京香)为拯救的场一行, 也来到战国时代, 却发现的场想代替织田信长而改变历史